目的 基于赤霉素（gibberellin A_3,GA_3）处理下的南方红豆杉Taxus chinensis var. mairei转录组数据鉴定和分析SSR位点，开发可用于南方红豆杉种质资源鉴定和遗传多样性分析的SSR标记。方法 使用MISA软件对南方红豆杉转录组MRTX1133体内数据进行SSR分析，搜索SSR位点。可搜索单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸，最小重复数分别设置为10、6、5、5、5、5次。采用Primer 3(2.3.5版，默认参数)进行SSR引物设计。通过毛细管荧光电泳检测，最终选定多态性好，扩增成功率高的SSR引物用于后续数据分析；通过MEGA进行UPGMA聚类分析，构建聚类树。结果 转录组测序共获得202 361条Unigene，采用MISA软件搜索出12 008个SSR位点，分布在10 894条Unigenes上，发生频率为5.38%，平均距离为1/7.64 kb。单核苷酸重复类型最丰富，占总SSR位点的51.74%，其次为三核苷酸（20.92%）和二核苷酸重复类型（20.88%）。A/T、AG/CT是优势重复基序，分别占总SSR重复类selleck AG-221型的49.60%和10.93%。随机抽选96对SSR引物，以4个地区12份南方红豆杉种质进行引物有效性和多态性验证，筛选出13对具多态性的SSR引物，多态性引物比率为13.54%。13对引物在东北红豆杉Taxus cuspidata扩增效率高达100%，但在曼地亚红豆杉Taxus×media扩增效率仅为23.08%。聚类分析表明太行山地区南方红豆杉聚为一类，浙江、福建和湖南等南方来源的南方红豆杉聚为一类，后三者彼此之间遗传距离更近。结论 南方红豆杉转录组测序产生的Unigene信息可以用来开发SSR分子标记，开发的13个标记将有助于南方红viral immunoevasion豆杉物种遗传多样性、分子育种、资源保护等方面的研究。