洋葱(Allium cepa)、大蒜(Allium sativum)是内蒙古自治区主要的园艺作物,具有很高的食用价值、药用价值,目前栽培模式已在内蒙古自治区推广开,种植面积、年产量已位居前列,但由于主栽区以冷凉气候,以黄矮病为主的病毒病愈演愈烈。为了检测内蒙古自治区洋葱和大蒜中所存在的葱属蔬菜相关的主要病毒性病原,本研究通过常规RT-PCR技术对内蒙古自治区主栽区的洋葱、大蒜及周边杂草进行了病毒性病原的鉴定与检测,结果显示:洋葱检测出的病毒性病原有SYSV、OYDV、LYSV以及CMV,检出率分别为:22.4%、25.4%、7.5%以及9.0%;大蒜检测出的病毒性病原有OYDV、LYSV、GLV、CMV、GVA、GVB、GVD、GVE以及GVX,检出率分别为:80.0%、77.1%、20.0%、10.bionic robotic fish0%、10.0%、2.9%、5.7%、1.4%以及21.4%;周边杂草(绿黎)检测出的病毒性病原有SYSV、OYDV、GVX,检出率分别为:20%、10%、10%。十种病毒性病原内蒙古分离物序列进化分析结果表明:基于有效核苷酸序列所构建的ML进化树类型主要呈现两种分布规律,即CMV和SYSV为第一种,它们的不同来源克隆序列聚集在同一分支,其余为第二种,各盟市分离物散乱分布在两个及以上的分支;基于氨基酸序列所构建的ML进化树分布均在多个群组(GVE仅一个克隆序列不在分析范围)。基于有效核苷酸序列之间的一致性分析结果表明:10种病毒性病原分离物与AZD1152-HQPA MW其相对应的参考序列的变异较大,其中差异范围最高的是LYSV,为75.1%-99.2%,最低的是SYSV,范围80.4%-92.7%,可见本研究所获的有效序列与其参考序列之间的一致性存在明显差异。另外,一些病毒病特征明显的洋葱植株未检出病毒性病原,因此采集了这些洋葱的部分叶片并进行混合后进行高通量测序,测序结果中获得了一条SYSV的近全基因组序列,本研究利用RACE技术进一步获得了SYSV完整的基因组序列,并对SYSV分离物进行了遗传多样性分析、系统发育分析、序列一致性分析以及重组分析,结果表明:①SYSV的进化遵循着中性进化模型,受到环境影响较弱;②而P1编码区核苷酸多态性系数较高,序列一致性较低,可见该区域具有具有高度变异的特征;③SYSV具有具有明显的地域差异;④SYSV全基因组序列中存在5种重组事件。基于大蒜病毒性病原常规PCR检测,本研究还针对大蒜的五种常见病毒性病原(GLV、GVD、GVX、LYSV、OYDV)进行了多组引物对的设计,通过对于内参选择、退火温度、延伸时间、引物添加量等因素的优化,最终建STM2457试剂立了一种可同时检测五种大蒜主要病毒性病原(GLV、GVD、GVX、LYSV、OYDV)的多重PCR检测测体系:2×M5 Hiper超光速mix 10μL,GLV、GVD、GVX、LYSV、OYDV各上下游引物添加量1.0μL/1.0μL:0.5μL/0.5μL:0.5μL/0.5μL:0.5μL/0.5μL:0.5μL/0.5μL(引物浓度:10μM),样品c DNA模板4μL。反应程序为:95℃预变性3min;94℃变性30s,56℃退火30s,72℃延伸1min,40次循环;72℃终延伸10min。目前此多重体系已对来自内蒙古、云南、安徽、河南、河北、陕西、辽宁、贵州、四川、浙江、山东、江苏、湖北、山西、江苏15个不同省份的大蒜进行了初步应用。分析结果表明:本研究所建立的多重PCR体系具有较强的特异性,虽然个别病毒扩增条带分辨率较低或不稳定,但不影响检测结果的准确性,因此可以进行推广和应用。