萱草属植物具有极强的环境适应能力,在世界范围内都有分布,其观赏品种广泛应用于庭院与园林绿化。随着国内外育种工作的加强,大量的园艺新品种涌现出来,这使得萱草属植物的遗传结构变得更加复杂。为了明确萱草属植物的亲缘关系,促进育种工作的可持续发展以及加强种质资源的保护,本研究利用萱草品种Hemerocallis‘Autumn Red’的RNA-Seq信息开Hepatocellular adenoma发新的EST-SSR标记,并在包含萱草原种,变种,园艺观赏品种以及黄花菜栽培品种在内的共104份材料中验证其有效性与多态性,获得的主要试验结果如下:1.根据萱草H.‘Autumn Red’的RNA-Seq信息,检测到28,116个unigenes,共识别了9139个SSR,分布在9048个unigenes上,平均每5.29 kb识别一个SSR位点。三核苷酸重复序列是(5 270,57.66%)SSR位点中最多的,其次为二核苷酸重复序列(3 253,35.50%)。SSR的重复次数在5～35个之间,5～7次的SSR数量较多,占70.42%。2.随机选择90个EST-SSR标记对部分萱草属种质进行PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳,通过两轮筛选得到40个有效的EST-SSR标记,包括3对具有5个重复单元的四核苷酸重复序列和37对具有5～14个重复单元的三核苷酸重复序列。3.利用40个荧光EST-SSR标记对104份萱草属种质进行PCR扩增,毛细管电泳检测,其中30个多态性标记共鉴定出98个等位基因,平均值为3.23。PIC值在0.01～0.70之间,平均值为0.25,其中5个标记(XC007,XC057,XC058,XC068和XC07IACS-010759体内2)表现出高度多态性(PIC>0.5)。4.利用30个EST-SSR标记对104个萱草属种质进行AMOVA分析,结果表明萱草属植物群体内种质间的遗传多样性更高。聚类分析,群体结构分析和PCo A分析都将104个种质分为萱草类群和黄花菜类群,并且发现二者之间有基因流动。此外,我们结合种质的形态学特征联合分子标记进行分析,结果表明,花色不足以作为萱草属的分类依据,而花莛高度与花径大小呈显著的正相关,并且发现复花品种有潜在的遗传力,这些结论可为萱草育种工作者提供参考。5.本研究最终筛选出7对EST-SSR引物构建了104个萱草属植物品种的DNA指纹图谱,7个核心标记的Na数在3～8个不等,PIC值在0.07～0.70之间。另外,我们基于104个种质的指纹图谱和表型性状信INCB28060 IC50息制作了电子二维码,这将有助于保障植物种质资源的真实性,以及帮助消费者更快更方便地了解品种的信息。