2018年云南省手足口病与疱疹性咽峡炎柯萨奇病毒A6型全基因组比较分析

目的 分析2018年云南省17株引起手足口病（hand,foot and mouth disease,HFMD）与疱疹性咽峡炎（herpangina,HA）的medical anthropology柯萨奇病毒A6型（Coxsackievirus A6,CVA6）全基因组特征，了解不同致病CVA6之间的基因差异。方法随机抽取昆明市儿童医院2018年临床诊断为HFMD与HA的1 909份粪便样本，使用肠道病毒A组通用引物进行检测并筛选CVA6阳性样本。用CVA6全基因组引物进行序列扩增，经BioEdit软件拼接后获得CVA6全基因序列，应用BioEdit、MEGA 7.0、Simplot、Heml 1.0及Phyre2等软件分析CVA6全基因组特征。结果 筛选出CVA6阳性样本929份，获得CVA6全基因序列17株（其中9株临床诊断为HFMD,8株临床诊断为HA）;17株CVA6在全基因系统进化树上均处于Ⅳ型分支；HA、HFMD代表株未发生明显重组，但在非结构蛋白3D区发生变异；HFMD、HA代表株在VP1的S597T、Q705L和Q663L位点存在差异，在线预测分析发现其VP1二级结构与CVA6原型株Puromycin体内实验剂量一致，未发生改变。结论引起HFMD与HA的17株CVA6之间具有较高的基因组同源性，同时也存在核Trichostatin A核磁苷酸及氨基酸差异，这种变化可能对CVA6的复制及适应性产生影响。