为研究虾Empagliflozin细胞培养肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei， EHP)基因组中SSR (simple sequence repeat， 简单重复序列)基本信息， 给虾肝肠胞虫及其近缘种在分子标记开发、种群进化和遗传多样性研究等提供理论支持， 本研究采用生物信息学方法对虾肝肠胞虫全基因组中SSR位点的数量、分布及频率等信息进行统计分析， 与其他五种微孢子虫真菌物种基因组进行了比较。在虾肝肠胞虫基因组中共搜索到794个SSR， 总长度为21773 bp， 占基因组的0.72%， SSR的平均长度为27.43 bp， 相对丰度为262 loci/Mb， 相对密度为7184.43 bp/Mb。6种SSR类型中community-pharmacy immunizations， 四核苷酸SSR数量最多， 有570个， 总长度为12152 bp， 占SSR总数的71.79%， 平均长度为21.32 bp， 相对丰度为188.08 loci/Mb， 相对密度为4009.79 bp/Mb; 二核苷酸SSR数量最少， 仅有20个， 总长度为280 bp， 占SSR总数的2.52%， 平均长度为14 bp， 相对丰度为6.6 loci/Mb， 相对密度为92.39 bp/Mb。基因组高频率(≥10)出现的SSR重复类型为: AACT， TTAG， TAGT， ACTA， AGTT， CTAA， AACTA， GTTA， TTAGT， TAAC， AT。选择序列长度不小于20 bp的多核苷酸SSR共计30个， 进更多行引物设计用于物种鉴定。利用GO数据库对含SSR基因进行功能注释， 共有28个基因(3.53%)注释到分子功能、生物进程及细胞组分3类中。将虾肝肠胞虫与其他微孢子虫真菌相比， 虾肝肠胞虫中SSR的数量及相对丰度适中， 由此可知基因组大小与SSR数量无关。该研究为虾肝肠胞虫的种群遗传及进化相关研究奠定了基础。