昆明杯冠藤和青羊参隶属于夹竹桃科鹅绒藤属，是重要的药用植物。本研究对昆明杯冠藤和青羊参叶绿体基因组进行测序、组装，并对两者叶绿体基因组的结构特征及其系统发育位置进行了分析。结果表明，昆明杯冠藤和青羊参叶绿体基因组均具有典型更多的四分体结构，注释到133个基因，两者总GC含量接近。密码子偏好性分析显示，昆明杯冠藤和青羊参叶绿体基因组中相对同义密码子使用度略有不同，但差异不大，且在密码子第3位有强烈的A或U偏好。在两methylomic biomarker者叶绿体基因组中分别检测到91个和103个简单重复序列，以A/T类型重复占比最大。核苷酸多态性分析显示，鹅绒藤属叶绿体基因组共有间区序列的核苷酸多态性值高于共有基因序列，基于共有间区序列的高变区设计了一对引物可对昆明杯冠藤和青羊参进行鉴别。系统发育分析表明，昆明杯冠藤和地梢瓜亲缘关系最近，青羊参、白首乌和隔山消在鹅绒藤属中形成稳定的单系分支，三者亲缘关系较近。对昆明杯冠藤和青羊参叶绿体基因组特征及其系统发育的比较分析将为两种植物的物种鉴定及鹅绒藤属植物的遗传多样性和系统进https://www.selleck.cn/products/chir-99021-ct99021-hcl.html化研究奠定理论基础。