日本白姑鱼(Argyrosomus japonicus)、赤鯥(Doederleinia berycoides)和横带髭鲷(Hapalogenys analis)均属于鲈形目(Perciformes),三种为我国重要的海洋经济鱼类,具有较高的经济价值和生态价值。近年来,由于过度捕捞、人类活动和环境变化的影响,其资源量急剧衰退,亟需开展人工增养殖研究。为了更好地开展三种海洋鱼类的增养殖研究,探究其种质资源情况以及群体的遗传结构和遗传多样性尤为重要。微卫星分子标记在研究物种种质情况及遗传信息方面有很大优势。本研究对三种鱼类进行了基因组survey测序并开发微卫星位点。主要研究结果如下:1.日本白姑鱼经基因组survey分析共获得84.27 Gb的测序数据量。基因组survey测序结果表明,日本白姑鱼基因组大小约为675 Mb,其杂合率与重复率分别为0.21%和35.47%。对日本白姑鱼基因组survey数据进行微卫星位点检测,得到316,357个完美型微卫星位点。其中二核苷酸重复为最丰富的微卫星类型,占比43.06%;六核苷酸重复最少,占比0.10%。在重复单元中,A/T数量最多,占微卫星总量的38.72%,含GC的重复单元数量很少;6次重复和10次重复的微卫星位点数量最多。2.赤鯥经基因组survey分析共获得85.62 Gb的测序数据量。基因组survey测序结果表明,赤鯥基因组大小约696 Mb,其杂合率与重复率分别为0.37%和31.62%。基于赤鯥基因组survey数据共检测到462,395个完美型微卫星位点。其中二核苷酸重复数量最多,占比58.49%;六核苷酸重复占比最少,仅0.13%。在重复单元中,A/T为优势重复单元,占比24.95%,含GC的重复单元数量很少;6次重复和10次重复的微卫星位点数量最多。3.横带髭鲷经基因组survhepatitis C virus infectioney分析共获得83.02 Gb的测序数据量。基因组survey测序结果表明,横带髭鲷基因组大小约为543 Mb,其杂合率与重复率分别为0.45%和26.78%。在横带髭鲷survey数据中共检测到280,378个完美型微卫星位点。其中二核苷酸重复占比高达56.05%,六核苷酸重复占比仅0.45%。在重复单元中,A/T为优势重复单元,占比22.37%,含GC的重复单元数量很少;6次重复和10次重复的微卫星位点数量最多。4.利用横带髭鲷survey测序结果筛选出的20个多态性微卫星位点对一个供试群体进行群体遗传学检测。结果表明,各位点等位基因数(Na)从5到13不等,均值GPCR & G Protein抑制剂为8.75个;观测杂合度(Ho)均值为0.808,期望杂合度(He)均值为0.863;平均多态信息含量(PIC)为0.826,且均大于0.5。经Bonferroni校正后有5个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡(P<0.001);有4个位点存在无效等位基因。所开发的微卫星位点可用于今后横带髭鲷遗传育种和群体遗传学的研究。利用8个微卫星位点对3个横带髭鲷群体进行遗传结构研究。结果显示,横带髭鲷3个群体的等位基因丰富度(AR)、Ho、HeAZD2281和PIC较高,表明群体遗传多样性水平较高;遗传分化指数(Fst)显示2022年的养殖群体与2020年的养殖群体有明显的遗传分化,2021年的野生群体与其他两个群体有较小的遗传分化;UPGMA树和3D-FCA得分析结果与Fst值所分析的结果保持一致。